چند سال پس از پایان جنگ شینوبی ، بروتو پسر ناروتو تصمیم می گیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون چونین شرکت کند. اما…

زمانی که هایوگا هانابی توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود ، ناروتو برای نجات وی دست به کار می شود. اما…

ناروتو و ساکورا در دنیایی موازی توسط مادارا اسیر می شوند که قصد دارد نه دم را از ناروتو بدزدد...

نبرد ناروتو برای اثبات بی گناهی خویش ، ناروتو برای جرمی که مرتکب نشده مجرم شناخته می‌شود و برای اصلاح به زندان فرستاده می‌شود و…

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله می‌کنند و…

داستان این قسمت در جایی آغاز می شود که ناروتو در حال انجام دادن یک سری از تمرین های بسیار سخت می باشد که بر اثر یک اتفاق نادر بک گذشته سفر می کند پس از اینکه ناروتو با از سر گذراندن اتفاقات بسیاری متوجه می شود که به گذشته رفته است وارد شهری به نام لوران می شود در این شهر او او متوجه می شود که...

نینجاها در سرتاسر تمام کشورها ناپدید میشوند و همه ملت آتش رو مقصر میدانند. به دستور سوناده، کاکاشی قربانی میشود تا جلوی جنگی همه جانبه گرفته شود....

ناروتو، شیکامارو و ساکورا این بار به مأموریتی فرستاده شده‌اند تا حیوان دست‌آموز گمشده‌ای را به دهکده‌اش بازگردانند اما با جنگجوی اسرارآمیزی مواجه می‌شوند که...

ناروتو، کاکاشی، ساکورا و راک لی برای محافظت از میچیرو، شاهزاده سرزمین ماه برای سفر طولانی‌اش دور دنیا انتخاب شده‌اند و...

ناروتو و تیمش استخدام می شوند تا از یک بازیگر جوان در برابر سه جنگجوی سرکش در سرزمین برفی محافظت کنند.

روح قدرتمندی که زمانی جهان را تهدید به نابودی می کرد، بازگشته است! ماموریت ناروتو محافظت از یک کشیش به نام شیون است که تنها کسی است که می تواند هیولا را مهر و موم کند.